单细胞数据分析

单细胞测序让我们能够在前所未有的精度水平下研究基因表达,该技术同时衍生了众多单细胞数据分析方法。目前单细胞数据分析方法繁多,从这些方法中挑选适用于用户自己的单细胞数据分析方法,成为了大家的关注点。

除了目前常用的分析技术外,单细胞分析还在不断涌现新的改进算法 ,如Cell BLAST 变分自编码器 ,scDSC聚类算法等,螺旋矩阵实现了目前市面上常见的算法库,以及自主改进算法库,助力单细胞分析。

  • Pre-processing(10x: cellranger)
  • Quality control (filter/doublets)
  • Normalization
  • Data correction and integration
  • Feature selection
  • dimensionality reduction and visualization
  • Cluster analysis & Annotation
  • Compositional analysis
  • Trajectory analysis
  • Gene-level analysis (DEGs, Enrichment, GRN)