螺旋矩阵获得NeurIPS 2022单细胞测序分析竞赛铜牌
螺旋矩阵近日，国际人工智能顶级会议NeurIPS 2022举办的单细胞数据分析竞赛落下帷幕。本次竞赛有来自83个国家的1220支队伍参加，共有8025名报名者和1602名参赛者，共收到27149次有效提交。螺旋矩阵技术团队排名第99名，获得铜牌一枚。
一年一度的NeurIPS是人工智能领域的顶级会议，与ICML并称为人工智能领域难度最大，水平最高，影响力最强的会议。本次NeurIPS 2022会议为收集单细胞前沿技术解决方案，举办了数据分析竞赛。
目前单细胞是生物学和尖端医学的研究热点。即对单个细胞水平上，对基因组或转录组进行提取扩增和高通量测序分析。该技术能够揭示单个细胞独有的基因结构和基因表达状态，包括结构变异、拷贝数变异、RNA表达水平等数据，使不同细胞类型得以精确区分，并有助于科学家在单细胞水平进行分子机制的研究。从而推进癌症等重大疾病的治疗。
虽然多模态单细胞数据越来越可用，但数据分析方法仍然稀缺。由于单个细胞体积小，测量结果稀疏且有噪声。细胞间分子取样深度（测序深度）的差异和分批处理细胞的技术效应（批次效应）往往会压倒生物差异。在分析多模态数据时，必须考虑不同的特征空间，以及模态之间和批次之间的共享和独特差异。此外，当前用于单细胞数据分析的管道将细胞视为静态快照，即使存在潜在的动态生物过程。在单细胞数据科学中，对随时间变化的时间动态和状态变化的解释是一个困难的挑战。
此次竞赛需要分析两种数据，第一种是10x Chromium Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression technology（Multiome），第二种是CITEseq技术生成的数据。需要通过给定染色质可及性，预测基因表达，以及通过基因表达来预测144种蛋白质水平。
螺旋矩阵团队使用了单一的神经网络模型，通过对降维算法的改进取得了铜牌成绩。
